醫(yī)用污水處理的原則是：分質(zhì)分流，局部分隔治理，把污染就近消滅在污染源。主要處理方法為沉淀與消毒。我國(guó)常用的消毒劑為液氯，近年來(lái)，為了提高消毒效率及不產(chǎn)生二次污染多趨向采用臭氧化法消毒，消毒處理后均可達(dá)到排放標(biāo)準(zhǔn)。處理過(guò)程中產(chǎn)生的污泥常采用石灰消毒法及高溫堆肥法進(jìn)行處理。

對(duì)于綜合醫(yī)院(不帶傳染病房)污水處理可采用“預(yù)處理→強(qiáng)化處理→消毒”的工藝。通過(guò)混凝沉淀(過(guò)濾)去除攜帶病毒、病菌的顆粒物，提高消毒效果并降低消毒劑的用量，從而避免消毒劑用量過(guò)大對(duì)環(huán)境產(chǎn)生的不良影響。 醫(yī)用污水處理的強(qiáng)化處理一般采用混凝沉淀、過(guò)濾、氣浮等工藝。過(guò)濾的固液分離方式需要反沖，操作管理較為復(fù)雜，而氣浮工藝中氣體釋放易導(dǎo)致二次污染。所以醫(yī)用污水中一般采用混凝沉淀工藝。

傳染病醫(yī)院的污水和糞便宜分別收集。生活污水直接進(jìn)入預(yù)消毒池進(jìn)行消毒處理后進(jìn)入調(diào)節(jié)池，病人的糞便應(yīng)先立消毒后，通過(guò)下水道進(jìn)入化糞池或單處理（如虛線所示）。各構(gòu)筑物須在密閉的環(huán)境中運(yùn)行，通過(guò)統(tǒng)一的通風(fēng)系統(tǒng)進(jìn)行換氣，廢氣通過(guò)消毒后排放，消毒可采用紫外線消毒系統(tǒng) 好氧生化處理單元去除CODcr、BOD5等有機(jī)污染物，好氧生化處理可選擇接觸氧化、活性污泥和好氧處理工藝，如膜生物反應(yīng)器、曝氣生物濾池等工藝。采用具有過(guò)濾功能的好氧處理工藝，可以降低懸浮物濃度，有利于后續(xù)消毒。 適用于傳染病醫(yī)院(包括帶傳染病房的綜合醫(yī)院)和排入自然水體的綜合醫(yī)院處理。

簡(jiǎn)易生化處理工藝的流程為“沼氣凈化池→消毒”。沼氣凈化池分為固液分離區(qū)、厭氧濾池和沉淀過(guò)濾區(qū)。三區(qū)的主要功能分別為去除懸浮固體，吸附膠體和溶解性物質(zhì)，進(jìn)一步去除和降解有機(jī)污染物，后通過(guò)沉淀和過(guò)濾單元去除剩余懸浮物和降解有機(jī)污染物，出水質(zhì)量。所產(chǎn)生沼氣根據(jù)氣量大小作不同的處理，當(dāng)1m3污泥制取沼氣達(dá)15m3以上時(shí)，收集利用；當(dāng)1m3污泥制取沼氣不足15m3時(shí)，收集燃燒處理。 沼氣凈化池利用厭氧消化原理進(jìn)行固體有機(jī)物降解。沼氣凈化池的處理效率優(yōu)于腐化池和沼氣池，造價(jià)低、動(dòng)力消耗低，管理簡(jiǎn)單。 作為對(duì)于邊遠(yuǎn)山區(qū)、經(jīng)濟(jì)欠發(fā)達(dá)地區(qū)醫(yī)用處理的過(guò)渡措施，逐步實(shí)現(xiàn)二級(jí)處理或加強(qiáng)處理效果的處理。
醫(yī)療廢水來(lái)自醫(yī)院，含有大量的病原細(xì)菌、病毒和化學(xué)藥劑，需要特殊工藝處理。醫(yī)療污水主要是從醫(yī)院的診療室、化驗(yàn)室、病房、洗衣房、X片照相室和手術(shù)室等排放的污水，其污水來(lái)源及成分十分復(fù)雜。醫(yī)院污水中含有大量的病原細(xì)菌、病毒和化學(xué)藥劑，具有空間污染、急性傳染和潛伏性傳染的特征。
根據(jù)國(guó)家環(huán)?？偩值挠嘘P(guān)規(guī)定（國(guó)家環(huán)保總局.醫(yī)院污水處理技術(shù)指南.2003.12（環(huán)發(fā)（2003）197號(hào) ），將各類(lèi)醫(yī)院按性質(zhì)分為綜合醫(yī)院和傳染病醫(yī)院兩類(lèi)，與衛(wèi)生系統(tǒng)對(duì)醫(yī)院及醫(yī)療機(jī)構(gòu)的劃分方法有差別。其中傳染病醫(yī)院指?jìng)魅拘约膊?zhuān)科醫(yī)院和帶傳染病房的綜合醫(yī)院，綜合醫(yī)院為不帶傳染病房的綜合醫(yī)院和各類(lèi)非傳染性疾病的專(zhuān)科醫(yī)院。醫(yī)院污水凈化包括綜合醫(yī)院、中醫(yī)醫(yī)院、中西醫(yī)結(jié)合醫(yī)院、民族醫(yī)院和專(zhuān)科醫(yī)院（傳染病醫(yī)院（包括結(jié)核病院）、心血管病醫(yī)院、腫瘤醫(yī)院、口腔醫(yī)院、婦產(chǎn)科醫(yī)院和精神病醫(yī)院等等）各類(lèi)醫(yī)院污水的處理，同時(shí)也包括療養(yǎng)院、康復(fù)醫(yī)院等其它醫(yī)療機(jī)構(gòu)和獸醫(yī)院的污水處理工程。