地殼中保存的屬于古地質年代的動物或植物的遺體、遺物或生物留下的痕跡叫化石。動物化石包括“肉質化石”和“骨質化石”。

《山海經(jīng)》也有“石魚”（即魚化石）的記述；南朝齊梁時期陶弘景有對琥珀中古昆蟲的記述；宋朝沈括對螺蚌化石和杜綰對魚化石的起源，已有了正確認識。迄今，發(fā)現(xiàn)早的細菌化石為距今35億年前的澳大利亞瓦拉翁納群中的絲狀細菌化石。

植物的化石包括根、木、葉、種子、果實、花粉、孢子、植石和琥珀。化石陸上植物
在陸地上、湖泊中、河流里以及近海內的地層都有被發(fā)現(xiàn)到?；ǚ邸㈡咦雍驮孱悾媳拊彘T和疑源類）被用來界分地層巖石的順序。殘留的植物化石并不如動物化石那么普遍，然而植物化石在世界上許多地區(qū)之內，都可以有大量的發(fā)現(xiàn)。