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蚓糞中富含細(xì)菌、放線菌和真菌，這些微生物不僅使復(fù)雜物質(zhì)礦化為植物易于吸收的有效物質(zhì)，而且還合成一系列有生物活性的物質(zhì)，如糖、氨基酸、維生素等，這些物質(zhì)的產(chǎn)生使蚓糞具有許多特殊性質(zhì)。
通過有益微生物和蚯蚓的生命活動，產(chǎn)生了生長素、細(xì)胞分裂素、赤霉素、吲哚酸等植物激素，促進(jìn)植物生長，調(diào)控植物代謝；還會產(chǎn)生大量多糖。其中的有益微生物還能產(chǎn)生拮抗活性強(qiáng)、抗菌譜廣的抗生素，限制病原菌的生長，使植物土傳病害得到抑制。

蚯蚓糞是一種黑色、均一、有自然泥土味的細(xì)碎類物質(zhì)，具有很好的孔性、通氣性、排水性和高的持水量。微小的顆粒狀還能幫助增進(jìn)土壤與空氣盡可能地接觸，因?yàn)樗鼈兺寥阑旌虾笫雇寥啦辉侔褰Y(jié)和堅(jiān)硬。蚯蚓糞因有很大的表面積，使得許多有益微生物得以生存，并具有吸收和保持營養(yǎng)物質(zhì)的能力。

蚯蚓糞顆粒小，具有多孔性，比表面積龐大，吸附能力強(qiáng)，可以較大程度地吸附土壤中的重金屬；蚯蚓糞中的腐殖酸也是一種很強(qiáng)的吸附劑，能吸附可溶態(tài)重金屬而降低其生物有效性；蚯蚓糞中的大量微生物群本身就能與土壤中各種有機(jī)和無機(jī)膠體相互作用而對重金屬進(jìn)行吸附、富集、沉淀等，從而降低重金屬的可利用性。由此可見，蚯蚓糞在修復(fù)土壤、鈍化土壤中有害重金屬方面也起到重要作用。